Das Tool klinkt sich in die Menüleiste ein, horcht aber auch auf vom Nutzer zu definierende Tastenkombinationen. Damit zeichnet man beispielsweise einen zeitversetzten Screenshot, ein Bildschirmvideo mit integriertem FaceTime-Gespräch oder ein GIF auf. Für aufgeräumte Bildschirmfotos blendet CleanShot X optional die Icons des Schreibtischs aus und wechselt temporär das Hintergrundbild.