Schlägereien in Saloons, Schießereien auf der Dorfstraße, Dampfloks, die sich ihren Weg durch die Prärie bahnen; all das gehört zu einem echten Western. Mittendrin stolpert Antiheld John Cooper auf der Suche nach dem dubiosen Frank in ein Komplott von korrupten Politiken, gierigen Geschäftsmännern und düsteren Banditen. Dabei schart Cooper eine Handvoll Helferinnen und Helfern mit unterschiedlichen Fähigkeiten um sich. Der Spieler scheucht die bunte Truppe in Desperados III aus der Vogelperspektive mit der Maus durch die Wüstenstädte.