Six, ein kleines, barfüßiges Mädchen in einem gelben Regenmantel, erwacht in einer düsteren Umgebung. Woher sie kommt und was sie antreibt, erschließt sich erst nach und nach – Little Nightmares gibt sich bewusst mysteriös.

Eindeutig scheint hingegen der Weg, den Six nehmen muss. Sie schleicht, läuft, springt und klettert auf einem Pfad durch das Zwielicht. Meist erhellt nur ihr flackerndes Feuerzeug die vielen nachtschwarzen Passagen, in denen auch schon mal Leichen von der Decke baumeln.