Nachdem mein Rechner 2 Nächte und einen Tag daran schuftete, die Mails aus dem Backup wieder zu restaurieren, und heute morgen alles gut war, hatte ich heute Abend wieder Skelette. Von heute.
Also: Es sieht so aus, als würde Apple Mail unter Catalina ein reproduzierbares Problem damit haben, Mails mit Attachments (!) aus einem Online-Folder (Exchange etwa) in einen lokalen Folder zu verschieben, wenn man nicht vorher die Mail mal auf Online (evtl. auch auf einen anderen Mailserver, etwa Exchange -> IMAP) rübergeschoben hat. Das Skelett bleibt über, der Inhalt ist weg.
Das zumindest bei "aktuellen" Mails - bei älteren, die noch in der Inbox sind, bleibt der Inhalt auch mal erhalten.
Jedenfalls scheint es nur Mails zu betreffen, die online liegen und mindestens ein Attachment haben. Die auf den lokalen Rechner zu ziehen, führt sehr verlässlich zu komplettem Verlust des Mailbodys; bei mir war das heute für jede Mail so, die ich zeitnah in einen Offline-Folder weiter geschoben habe.
Leider fiel das erst spät auf, weil das Verschieben eben meistens ein Skript macht, aufgrund von Regeln. Aber auch, wenn man es von Hand macht, hat man das Problem.
Also: Finger weg von Apple Mail im Moment.