Das gleiche Material und die gleichen (lib-)Versionen? Ein Packer wurde sich eigentlich eher dadurch auszeichnen, wenn er auf unterschiedlichen Umgebungen einen bitidentischen Output hat?. Bei gzip scheint das der Fall zu sein, bei xz/lzma(2) nicht.
Denkbar wäre noch, dass die Compiler sehr unterschiedlich pappen und für *nix besser optimiert wurde.