Das Problem ist ...

... dass die Prüfer im Patentamt häufig nur in ihren
Patentdatenbanken nach Prior Art suchen. 

Bei Software genügt das natürlich nicht. In anderen Technikbereichen
geht man davon aus dass 90% des weltweiten technischen Wissens in
Patenten der letzten 100 Jahre enthalten sind, bei Software ist es
viel weniger.

Es gibt sogar Länder in denen Patente gar nicht geprüft weren, wie
etwa Frankreich oder die Benelux-Staaten. Patente werden dort "ohne
Garantie auf Patentierbarkeit" erteilt und werden falls notwendig vor
Gericht überprüft. Der Prior Art Recherchenbericht dient in dem Fall
nur zur Information des Patentanmelders und der öffentlichkeit, das
Patent wird aber auch erteilt wenn im Bericht steht dass es
massenweise bekannte Prior Art gibt. In dem Fall ist es üblich dass
der Anmelder das Patent zurück zieht, am weitere Kosten zu vermeiden.
Er ist aber nicht dazu gezwungen.

Das es viele Patente gibt die eigentlich ungültig sind lässt sich
also nicht vermeiden.