Das Tool erzeugt Links zu nahezu beliebigen Dokumenten sowie zu E-Mails, Adressbucheinträgen oder Notizen. Entweder erhält man die native Schreibweise wie addressbook://XYZ:ABPerson oder Hookmark bietet sich mit hook://file/XZY?n=Users als Vermittler für Apps an, die keine URLs beherrschen, um auf Inhalte zu verweisen. Das Tool kennt die URL-Schemata zahlreicher namhafter Apps wie OmniFocus, Marked oder MindNode (siehe auch Website des Herstellers). Einige bislang inkompatible Apps lassen sich über das Teilen-Menü zur Zusammenarbeit mit Hookmark bewegen.

Am schnellsten ruft man Hookmark mit dem Kürzel Ctrl + H auf, das sich jederzeit anpassen lässt. Im Spotlight-ähnlichen Programmfenster kopiert man per Tastenkombination oder über das Kontextmenü eine Verknüpfung zum aktuell geöffneten Dokument, einer Internetseite oder einer ausgewählten Datei in die Zwischenablage – optional in Markdown-Schreibweise.