Supercomputer für die Genforschung

Kurz vor dem Ende seiner Amtszeit konnte der Energieminister Bill Richardson noch das zukunftsträchtige Projekt starten. Die nächste Stufe der "biotechnologischen Revolution", die mit dem Humangenomprojekt, also mit der Entzifferung des menschlichen Genoms, begonnen habe, werde durch die "erfolgreiche Verbindung zwischen Molekularbiologie und der Hochleistungs-Computerwissenschaft" hervorgebracht.

Zunächst einmal wollen Celera, Sandia National Laboratories und Compaq bis 2004 auf der Basis der AlphaServer SC Computer von Compaq die Rechenkapazität auf 100 Billionen Rechenschritte pro Sekunde (100 TeraOPS) steigern. Mit den Erfahrungen mit Parallelrechnern bei Sandia werden sogar 1000 Billionen Rechenschritte pro Sekunde für möglich gehalten. Die Zusammenarbeit sei notwendig, um die großen Steigerungen in der Rechenkapazität, die für die Genomanalyse und für die Proteomic notwendig werden, zu erschwinglichen Preisen zu ermöglichen. Besonders große Rechenkapazität benötigt man zur Analyse der Funktionen, Strukturen und Interaktionen der Proteine, beispielsweise um die komplizierten Faltungen von Aminosäuren zu Proteinen simulieren. Erst die genaue Kenntnis der dreidimensionalen Struktur der Proteine, die durchschnittlich aus 10000 Atomen bestehen, eröffnet ein breites Anwendungsspektrum etwa für neue Therapien durch die Herstellung von therapeutischen Proteinen, um Krankheiten zu bekämpfen.

Craig Venter, bekannter Präsident von Celera, sagte zur eben geschmiedeten Allianz, dass nicht einmal die leistungsstärksten Supercomputer, die es heute gibt, mit der eigentlich erforderlichen Rechenkapazität des Unternehmens im Genomzeitalter mithalten können: "Vor gerade einmal drei Jahren dachte man, dass die Anforderungen der Biologie an die Rechenkapazität gegenüber denen der Computerbranche klein und unbedeutend seien. Bei Celera sind wir stolz darauf, dass wir in der Anwendung der Computer auf die Biologie und im neuen Zeitalter der Medizin, das sich daraus entwickelt, an der Spitze stehen. Während Compaq und das Energieministerium sich auf den Bau der nächsten Generation von Supercomputern für die Zwecke der Verteidigung zu bewegen, freuen wir uns, beiden Gruppen dabei helfen zu können, neue Maschinen, Programme und Algorithmen für den Fortschritt der Life Sciences zu entwickeln."

Sandia und Compaq werden bei der Entwicklung neuer Hardware und Software für die Supercomputer kooperieren, Sandia und Celera hingegen, um neue Algorithmen für die biologische Forschung und neue Visualisierungstechnologien für die Analyse der riesigen Datenmengen zu entwickeln, die durch die schnellen Sequenzierungsmaschinen anfallen.

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