XML-Variante soll Austausch von Gendaten erleichtern
Die Gene Expression Markup Language hat gute Chancen, sich als Standardformat fĂĽr den Austausch von Genexpressionsdaten zu etablieren.
Die von Rosetta Inpharmatics entwickelte Gene Expression Markup Language (GEML) hat möglicherweise gute Chancen, sich als Standardformat für den Austausch von so genannten Genexpressionsdaten zu etablieren. Diese geben Auskunft über die Bedeutung der Gene.
Nachdem sich im November die GEML Community zusammengefunden hat, um die Verbreitung dieses Formats zu fördern, ist nun auch die Nature Publishing Group dieser Gemeinschaft beigetreten. Sollten deren Fachblätter Nature und Nature Genetics dazu übergehen, für eingereichte Papiere die Verwendung von GEML zu verlangen, könnte dies das Interesse an diesem XML-basierten Befehlssatz deutlich steigern.
Die als Durchbruch gefeierte Entzifferung des menschlichen Erbguts ist nur der Einstieg in die Genomforschung gewesen, hat aber bereits eine Fülle an Daten generiert: So verteilen sich allein die öffentlich zugänglichen Informationen des Human-Genom-Projekts auf mehr als 400 Datenbanken bei Unternehmen und Hochschulinstituten. An der Erforschung, was die Gensequenzen bedeuten und wie man diese Erkenntnisse nutzen könnte, hat eine weitaus höhere Anzahl an Unternehmen und Instituten Interesse.
Umso wichtiger wird auch hierfür ein Standardformat, das den einfachen Austausch der gesammelten Informationen unabhängig von den jeweils verwendeten Datenformaten ermöglicht. Bisher hat sich keine der firmenspezifischen Lösungen allgemein durchsetzen können. (anm)
