Münchner Softwareentwicklung avanciert zum Supercomputerbenchmark
Eine spezielle Anwendung aus der Bioinformatik wurde von der Standard Performance Evaluation Corporation als Benchmark für Supercomputer angenommen.
- Nikolai Zotow
RAxML, eine Bioinformatik-Software, die eigentlich zur Berechnung von Stammbäumen aus Erbgutinformationen von Lebewesen entwickelt worden ist, eignet sich auch zur Leistungsmessung von Supercomputern. Das befindet die internationale Herstellervereinigung SPEC (Standard Performance Evaluation Corporation), die die gleichnamige Benchmark-Suite zur Leistungsmessung von Prozessor- und Rechensystemarchitekturen herausgibt. Die Erstellung der phylogenetischen Stammbäume gründet bei RAxML (Randomized Accelerated Maximum Likelihood) zu einem großen Teil auf Floating-Point-Berechnungen. Mit RAxML sei der bisher größte Stammbaum mittels der Methode Maximum Likelihood berechnet worden, so die SPEC-Mitarbeiter; er umfasst rund 10.000 Erbgutsequenzen.
Ein Teil der Entwicklungsarbeit ist bereits publiziert, beispielsweise anlässlich der Supercomputing2002. RAxML ist mittlerweile eines von zehn verbreitesten Programme seiner Art. Entwickelt hat RAxML das Team um Dr. Alexandros Stamatakis vom Fachbereich Bioinformatik gemeinsam mit Prof. Dr. Arndt Bode sowie Dipl.-Inf. Michael Ott (Rechnertechnik und Rechnerorganisation) im Leibniz-Rechenzentrum an der Technischen Universität München. Nun wird das Programm Teil der nächsten Version der High Performance Computing Suite (HPC). Unterstützung erhält die TU München bei der Entwicklung solcher Programme vom Bayerischen Kompetenznetzwerk für technisch-wissenschaftliches Hoch- und Höchstleistungsrechnen KONWIHR. Außerdem erhält das Projekt Fördermittel aus dem Emmy-Noether-Programm der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG). (rh)
