Beschleunigte Suche im Erbgut
Eine neue Methode macht es möglich, Gene und ihre Kontrollstellen schneller aufzuspüren.
Eine Wissenschaftlergruppe um den Bioinformatiker Steve Jones vom Genome Science Center in Vancouver hat ein neues Verfahren entwickelt, das die Suche nach Regulationsstellen im Erbgut künftig erleichtern soll. Den Kanadiern gelang es, zwei bewährte Methoden zur Ermittelung von Transkriptionsfaktoren und Bindungsstellen im Genom miteinander zu kombinieren.
Im Experiment suchten Jones und seine Kollegen nach den Bindungsstellen von Stat1, einem Transkriptionsfaktor, der gut beschrieben ist und sich durch den Botenstoff Interferon aktivieren lässt. Aus mit Interferon behandelten Zellproben wurde die Erbsubstanz isoliert und anschließend in kleine Einzelteile zerhackt. Dabei blieben die Transkriptionsfaktoren an der Erbsusbstanz haften. Ein Antikörper, der nur Stat1 erkennt, zog diesen Faktor mit seiner gebundenen Erbsubstanz heraus.
Danach ergänzten die Forscher die Methode um ein weiteres Verfahren: Sie sorgten mit Enzymen dafür, dass Stat1 vernichtet wurde. Anschließend kopierten sie die zurückgebliebenen Erbgutfetzen mehrfach und gaben sie schließlich in eine Anordnung moderner, hochparaleller Sequenzierungsapparate. Diese entschlüsselten die Reihenfolge der Bausteine, aus denen die DNA-Stücke zusammengesetzt waren. Am Ende berechnet eine Software dann die Reihenfolge der Erbgutfetzen und markiert die Stellen im Genom, zu denen sie passen.
Ergebnis: Immerhin zeigten die Vergleiche mit bekannten Stat1-Bindungsstellen eine über 70-prozentige Übereinstimmung – bei einer beschleunigten Umsetzung. Nachteil: Bislang ist das Kombinationsverfahren noch sehr teuer. So etwas würde sich erst rechnen, wenn sich die neuen Sequenzierungsmethoden etabliert hätten und billiger würden, meint etwa Robert Geffers vom Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung in Braunschweig.
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(bsc)
